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La plupart des points chauds de biodiversité se trouvent dans le territoire de la Ceinture verte. Malgré le fait que près des deux tiers des espèces menacées ou vulnérables du Québec soient confinées à l'extrême sud de la province, et compris dans le territoire visé par la Ceinture verte, seulement 4,8% de cette zone est protégée à l'heure actuelle. À titre d'exemple, sur les 455 espèces animales (vertébrées) et végétales dont le statut est menacé au Québec, plus de la moitié se retrouvent sur le territoire de la Ceinture verte du Grand Montréal.

Parmi ces espèces menacées, on retrouve la rainette faux-grillon de l'ouest, qui se reproduit dans des milieux humides (mares, étangs, marécages). Cette grenouille est non seulement la plus petite de toutes les grenouilles du Québec, mais également la plus menacée. La rainette faux-grillon de l'ouest est l'exemple typique de la perte de la biodiversité dans le sud du Québec puisque 90% de son habitat d'origine, la Montérégie, a disparu suite aux activités humaines. On la retrouve encore dans des boisés tel le boisé du Tremblay, à Longueuil.

Outre les espèces menacées, plusieurs autres espèces fauniques « vedettes » peuvent être observées sur le territoire de la Ceinture verte du Grand Montréal. Notons entre autre la paruline azurée, petit passereau qui fréquente la haute canopée des forêts de feuillues matures du domaine de l'érablière à caryer cordiforme; la tortue géographique, espèce vulnérable qui niche dans le parc de la Rivière-des-Mille-Îles; et le faucon pèlerin, oiseau emblème du mont St-Hilaire, en Montérégie.

Outres ces quelques espèces vedettes, la Ceinture verte et bleue du Grand Montréal accueille des espèces fauniques telles que le petit polatouche, le piranga écarlate, la grive des bois, le vison d'Amérique, la loutre de rivière, le grand héron, le bihoreau gris, la perchaude, le grand brochet, ainsi que de nombreuses autres espèces.

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